一卡通的应用在良多企业因为前期建设缺乏整体规划，企业各部分从各自角度出发建设适合自己需求的一卡通系统，形成多卡并存的局面，很多企业在食堂、超市、劳保福利发放、工具领用、员工考勤机、门禁/通道等领域存在着自成体系的“卡应用系统”，名为一卡通，实际上相互不衔接、不共享，不仅导致资源铺张，而且使得用户的工作证、售饭机卡、考勤卡、门禁机卡、员工福利卡等证件名目繁多，给泛博用户带来很大的不便。

边界恍惚、治理混乱
一卡通与其它业务系统之间的边界到底如何划分，迄今为止仍旧不清晰，致使一些本来应该下放给业务部分的服务类业务，却上收到以结算治理为中央的“卡务中央”，而该上收的治理业务却下放到业务部分。

自成体系、难入流程
一卡通的治理功能如何整合主流的治理流程并未彻底解决，好比考勤模块与人力资源治理系统之间、会议签到模块与资产治理系统之间的流程并未买通。

架构复杂、维护难题、软件绑定
传统厂商采用分布式多数据库模式，导致多数据库之间的同步非常难题，常常导致帐务不平、造成严峻的财务风险；另一些厂商照抄照搬金融领域技术，采用完全集中数据库模式，却没有考虑到企业网不是金融网、一卡通数据中央不是金融数据中央、信息办技术气力不是金融机构动则数百专业职员的事实，给系统治理维护、扩展带来意想不到的难题―――一系同一旦泛起故障基本上只能厂商开发职员才能维护，形成了事实上的软件绑定，即用户绑定了软件厂商，丧失主动权。打卡机

彻底封锁、绑定厂商、绑定硬件
一些从“售饭卡”起家的硬件厂商，采用中低端技术、落后的技术架构、原始的设计理念，采用部门甚至完全封锁的卡片、POS、数据库技术，导致用户彻底绑定厂商、只能购买其指定的硬件，毫无主动性可言。

硬件分离、施展短处、走向极端
另外一些厂商因为自身不具备嵌入式系统开发实力，但愿通过外挂模式解决自身产品不完善的不足，因为嵌入式系统的特点―――软件嵌入硬件的一体化产品，决定了必需充分把握硬件的技术特点，才可能充分施展系统上风。因此实际效果差强人意―――前置接口部门不不乱，直接影响系统的用户体验，增加系统的治理难度。水控机